forse mi ero spiegato male. L'encoder non rappresenta il clock del PIC ma il clock in ingresso al Timer.
Per cui quando l'encoder non ruota, il PIC possiede ancora il proprio Clock ma letture successive sul Timer ritorneranno sempre lo stesso valore, per cui se la lettura N e' uguale a lettura N-1 non stai ruotando (o meglio non hai ancora modo di rilevare la rotazione).