Ciao,
che ambiente di sviluppo usi?
Se fai uso del nuovo MPLAB X non e´insolito che tu debba staccare il programmatore, spegnere MPLAB e riavviarlo, per poi riattaccare il programmatore.
Qualche volta capitava anche con MPLAB IDE ma era piu´raro.
Dal lato Freedom II accertati che sia presente l´alimentazione esterna.
Se alimenti Freedom II da programmatore (cosa che in generale sconsiglio) , accertati che sia fornita Vcc alla scheda.
Con un voltmetro puoi controllare facilmente l´alimentazione facendo uso dei test Point
TP1 = GND
TP2 = 5V
TP3 = Alimentazione Vin
I test point sono sulla sinistra dei quattro pulsanti.
Saluti,
Mauro