si dovrebbe funzionare così.
Il punto è che ogni pista è (o meglio dovrebbe) essere associata a un signal, che può essere assegnato dallo schematico. I nomi di default sono tipo "N$32 N$33 N$34"...
se usi lo strumento wire fai solo delle piste senza segnali o con nuovi segnali, quindi fai casino! perchè poi il DRC ti trova errori.
usa lo strumento route per collegare i pin dei componenti: dovresti avere anche dei sottili fili gialli che uniscono i componenti quando non sono ancora "routati", quelli servono appunto per capire come va collegato il tutto.
per le aree di rame sì: fai un poligono setti il segnale giusto e poi l'opzione solid per riempirlo completamente, infine rastnet per aggiornare i riempimenti.
il gap che vedi tra la pista e l'area è la clearance impostata nel caso tu abbia settato due segnali diversi: eagle capisce che quei segnali non vanno collegati e li stacca appunto con una clearance impostata.